Nach der ersten Generation mit Yugi, Joey, Kaiba & Co. Gibt es auch eine 2. Generation, daher der Name Yu-Gi-Oh Generation neXt. In GX gibt es wieder eine Hauptperson namens Jaden Yuki. Jaden ist ein Grossmäuliger, Humorvoller Schüler der Duel Academy. Zusammen mit seinen Freunden Syrus Truesdale und Chumley Huffington erlebt er viele Abenteuer an der Academy, welche auf einer grossen Insel gebaut wurde.
Die Academy ist unterteilt in Slifer Red, Ra Yellow und Obelisk Blue, wobei Slifer Red für die Anfänger und neueinsteiger ist, Ra Yellow für die guten Spieler, welche in Slifer Red besonders aufgefallen sind und Obelisk Blue für die Elite der Academy Schüler ist.
Ziemlich bald könnte Jaden zu Ra Yellow, er lehnt jedoch ab da er lieber mit seinen Freunden zusammen bleibt. Der Rivale, Chazz Princeton gehört zu Obelisk Blue und ist somit einer der besten Spieler der Academy, jedoch gibt es 2 Personen die ihn schlagen können: Jaden und Zane. Zane ist der grosse Bruder von Syrus, aber er kümmert sich kaum um ihn, seine eigene Karriere ist ihm viel wichtiger. Zane ist der mit abstand beste Schüler, wobei man bei Jaden nie weis, etv. Wird er ja bald der neue Champion.
Alexis ist eine Obelisk Blue Schülerin und wird als beste und hübscheste weibliche Duellantin eingestuft. Schon bald entwikelt sich eine Verbindung mit ihr zu Jaden, ein offizielles Paar werden sie aber vorläufig nicht.
Dr. Crowler ist der Proffesor von Obelisk Blue und will von Anfang an, seit Jaden ihn zum ersten mal geschlagen hat, dass Jaden von der Academy gschmissen wird, was ihm allerding immer misslingt.
Die alten Charaktere wie Yugi, Atemu oder Kaiba kommen die ganz vor, ab und zu
sieht man sie von hinten, oder einen Schatten bei einem Rückblick.